牧原公司前身为内乡县牧园养殖有限公司，该公司2000年7月由秦英林先生和钱运鹏先生共同出资设立。2009 年12月股改为河南省牧原食品股份公司。2010 年2更名为牧原食品股份有限公司。并于2014年1月上市。

公司上市前夕，就形成以“自育自繁自养大规模一体化”为特色的生猪养殖模式。在种猪扩繁方面，牧原公司公司建立曾祖代-祖代-父母代-商品代的扩繁体系，自行繁殖种猪及商品猪。