根据提供的信息，被停薪留职的员工可以在以下情况下申请劳动仲裁：

如果公司有故意拖欠工资的行为，且拖欠时间超过一周，员工可以向劳动部门投诉。如果投诉后公司继续拖欠工资，员工可以直接申请劳动仲裁处理1。

如果公司以其他理由拖欠工资，且按正常发放工资日期推迟半个月不发，且没有明确发工资日期或者以其他借口不肯支付工资的，员工可以不用继续等待，直接去申请劳动仲裁处理1。

根据劳动合同法，劳动关系存续期间包括停薪留职期间。如果在这个期间内出现劳动纠纷，一般仲裁时效为一年。如果是拖欠劳动报酬，则时间不受1年时间限制。即使员工辞职了，在辞职一年内，也可以提起仲裁2。

员工被降薪一年内都可以提出劳动仲裁。劳动仲裁的时效是一年3。

综上所述，被停薪留职的员工可以在劳动关系存续期间，即停薪留职期间，以及劳动关系终止后的1年内，因拖欠劳动报酬等原因申请劳动仲裁。