加工中心换刀主轴定位不对可能是由以下原因造成的：

主轴编码器故障：编码器提供主轴位置反馈，故障会导致主轴定位错误。

伺服电机故障：伺服电机控制主轴运动，故障会影响其定位精度。

联轴器磨损：联轴器连接主轴和伺服电机，磨损会导致定位误差。

主轴轴承磨损：主轴轴承的磨损会导致转动不平稳，从而影响定位精度。

解决方法：检查和更换故障的编码器、伺服电机或联轴器。调整或更换主轴轴承，确保其转动平稳。对主轴进行重新标定，以确保其准确定位。