普宁站为线侧下式车站，正线及到发线7条，设站台三座(包括基本站台、二站台、货物站台各1座)，站房总建筑面积达6000平方米，将建成集铁路、长途客运、公交、的士换乘于一体，客运站、东方翡翠大酒店、文化广场、康美（普宁）中药城的东部新城起步区。

该站是厦深铁路的中间站、客运站，厦深铁路与已建成的福厦铁路、向莆高速铁路、温福铁路、甬台温、杭甬等铁路相连，贯通东南沿海铁路线。