从香港到深圳南山区最便捷的方式是通过地铁。乘搭地铁从香港九龙站或香港站到福田口岸，办理通关手续后，可在口岸内乘搭深圳地铁4号线直达南山区。这条地铁线路沿途经过多个商业中心和旅游景点，非常方便。另外，还可乘坐巴士或出租车，但由于深圳交通拥堵，这两种方式需要更多的时间和金钱。