莫桑比克以亚热带气候为主，兼有部分热带气候，雨量充沛，年总降水量为800-1200毫米。全年分为两季，4-9月为旱季，10-3月为雨季。首都马普托（位于南部）最高气温可达40度（12-2月），最低气温10度左右（6-8月）

第二大城市贝拉市旱季气温（白天）18-24度，雨季为32-36度北部城市楠普拉等较为炎热，雨季最高气温可达40度以上，且十分干燥。由于莫地势西北高，东南低，多条河流从东南部入海，东南部大片平原地势平坦，海拔较低，雨季时雨水多则易引发洪涝灾害，雨水少又易引起旱灾。由于受亚热带及热带季风气候影响，雨季时雨多风大。