当病人办理了医保手续，出院时报销手续系统就可以直接结算了。

在协议医疗机构发生的大病保险医疗费用，出院结算时直接结算。在符合条件的非协议医疗机构发生的大病医疗费用，到区医保中心或市医保局办理基本医疗报销和大病保险报销。

法律依据：《中华人民共和国社会保险法》 第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。