木制房顶漏水后留下的水渍印可以通过以下步骤进行处理：

找出漏水点并进行修复：首先，需要确定木制房顶的漏水点，并进行修复，以防止水渍进一步扩大。

清理水渍印：清理木制房顶表面的水渍印，可以使用柔软的布或海绵擦拭，去除表面的污垢和水分。如果水渍较严重，可以使用专业的清洁剂进行清洁。

干燥木制房顶：清理完水渍印后，需要让木制房顶自然干燥，可以使用风扇或空调等设备加速干燥过程。

涂抹保护剂：为了保护木制房顶的表面，可以涂抹一层保护剂，如防水剂或木蜡油等。这不仅可以防止水渍再次渗透，还可以增加木制房顶的寿命和美观度。

需要注意的是，如果木制房顶的损坏较严重，如出现腐烂、开裂等情况，需要请专业人员进行维修和更换。此外，在进行任何维修和处理前，一定要确保安全，避免发生意外事故。