1、填海造地人工化会破坏自然生态，出现盐碱化以及地表沉降，海水倒灌等负面相应

2、国外以荷兰为代表的西方围海造田国家近年来也推崇退田还海。

3、破坏海洋生态，影响水中生物生活，不但生物不能生存，更大量出现了赤潮的情况。

4、过度填海会使海港收窄，令水流更急速，波浪波幅更大，影响船只航行。　

　 5、对于直接把雨水排出大海的地区，填海令地下的雨水渠延长。而因为延长部份斜度的不足，所以整条雨水渠的排水力减低。在雨季时，就可以因为大雨而造成内城街道水浸的问题。

6、产生凸堤效应，让周边的海岸线往内缩。1945年到1978年，日本全国海滩减少了约3.9万公顷。

7、影响自然景观。

8、污染物累积在变狭了的海港内，难以冲去，使港湾水质恶化。

9、水土流失，因海域上增加更多的浪，令一些天然的沙及泥土冲走。