南京灵活就业医保缴费后，一般会在缴费成功后的一个月内生效。

南京灵活就业医保是一种社会保险制度，需要缴纳一定的费用才能享受相应的医疗保障。

一般情况下，缴费成功后，相关部门需要一定的时间来处理和确认缴费信息，然后将个人纳入医保系统中。

因此，生效时间一般会在一个月内。

南京灵活就业医保的生效时间可能会因个人情况和具体操作流程而有所不同。

在缴费后，建议及时向相关部门咨询，了解具体的生效时间和操作流程，以便及时享受医疗保障。

此外，南京灵活就业医保还有一些具体的规定和政策，如缴费标准、报销比例等，也需要注意了解和遵守。