哈尔滨的甲状腺疾病患者可以申请慢性病医保。具体的报销比例可能会因医院级别和地区差异而有所不同。通常情况下，镇卫生院的报销比例为60%，二级医院的报销比例为40%，而三级医院的报销比例为30%。

这意味着，如果甲状腺疾病患者选择在镇卫生院接受治疗，他们将能够获得最高的报销比例。但需要注意的是，每个地方的报销幅度可能会有一定的差距，因此建议患者在申请前，先向当地医保部门或相关医疗机构进行详细咨询。

此外，对于家庭经济条件较差的患者，可以向相关部门申请补助，以减轻经济负担。

以上信息仅供参考，如有需要，建议咨询当地医保部门或医疗机构。