实习生签署三方协议的步骤如下：
1. 确定实习岗位和实习期：实习生和用人单位确定实习的岗位和实习期。
2. 编写三方协议：实习生、用人单位和实习机构（如学校）共同编写三方协议。协议内容通常包括实习生的基本信息、实习岗位职责、实习期限、工作时间安排、实习报酬、保密条款等。
3. 协商和签署：三方协议的内容需要经过协商和沟通，确保各方的权益和责任都得到充分的保护。协议达成一致后，实习生、用人单位和实习机构共同签署协议。
4. 注册备案：有些地区或学校要求将实习协议进行注册备案，以确保协议的合法性和有效性。实习生、用人单位和实习机构需要按规定的程序进行注册备案。
5. 履行协议：三方签署协议后，各方都应按照协议的内容履行各自的责任和义务。实习生应按照实习岗位职责认真履行工作，用人单位应提供必要的指导和支持，实习机构应进行监督和跟进。