2020年，大悲古寺被依法查封，所有僧众被遣返，不得回流，被查封的原因是由于涉嫌违反《宗教事务条例》而被行政处罚。

主要问题是该寺院未经有关部门批准，在用地上违建，使用他人的耕地以及占用公共道路的行为，同时，该寺院存在管理不善、整改不力以及误导信众等问题。