跨省报销农村合作医疗保险报销比例如下：

1、乡镇卫生院就医，起付线为100元，报销比例为90%；

2、县级定点医院就医，起付线为200元，报销比例为82%；

3、市级定点医院就医，起付线为500元，那么报销比例为65%；

4、省级定点医院就医，起付线为700元，报销比例为55%；省外非定点医院就医，起付线为1千元，报销比例为45%。