菲律宾入境码参考编号是EQYJN

原因是菲律宾政府推出的入境码系统，每个人的入境码都是唯一的，其中包括参考编号（Reference Number），它用于查询个人的入境健康信息和行程记录。

另外，在填写入境码时，需要提供个人信息、旅行历史和健康状况等详细信息，确保入境人员的身体状况符合健康标准，有利于防控疫情的传播。

需要注意的是，入境码参考编号和入境码本身不同，参考编号是填写入境申请表格时生成的，入境码是在批准后由菲律宾政府发送给申请人的。