根据2021年 QS 世界大学学科排名，该校在数学、化学、生物学、农学和地球与海洋科学等多个领域均位列前50名。尤其是在数学和化学领域，波恩大学甚至可以和斯坦福大学、哈佛大学等世界排名前列的高校媲美。