1.参保对象不同.农村合作医疗保险的参保对象是农村户口的农村居民，且通常情况下为资源缴纳。社保参保对象为在职职工或城镇居民，如果为在职职工，则是社会强制保险，必须缴纳。

2享受待遇不同.农村合作医疗：是在农村必须是农村户口才能参加新农合，当年缴费，次年需再交钱才可以享受新农合。

3.保障力度不同.新农合：基金由于是多方筹资的关系，所以在保障力度上还稍稍欠缺了点。社保：实行“低水平、广覆盖”的特点，因此一经参保，标准都是统一享受的。

4.缴费方式不同.新农合：个人承担为主，国家会给予一定的补贴。各地标准不一，每年都会在特定的时间收取费用。