太庙与祧庙的主要区别在于其功能、历史背景和社会阶层的对应关系。首先，从功能和历史背景来看，祧庙是指祭祀先祖的庙宇，主要用于祭祀已经去世的祖先，是家族或宗族的共同信仰场所，用于表达对祖先的敬意和纪念。而太庙则是祭祀天地神明和帝王的庙宇，是国家的官方宗教场所。
其次，从社会阶层的角度来看，太庙主要对应的是古代的皇帝，而宗庙则是诸侯士大夫阶层的祭祀场所，祖庙则对应的是宦官。对于平民来说，他们祭祀祖先的地方通常被称为祠堂。
在明代，宗庙制度曾经发生过一些变化。例如，在明宪宗时期九庙具备，但在明孝宗时期，由于九庙已满，宪宗需要升祔太庙，因此确定了太庙的祧庙顺序。这一制度在嘉靖时期经过改革，但九庙制度一直延续到明末。