苹果手机可以通过使用密码保护功能来对PDF文件进行加密。首先，打开需要加密的PDF文件，点击“共享”按钮，选择“创建密码保护的PDF”。

在弹出的对话框中，输入所需密码，再次确认密码，保存设置即可。

此时，每次打开该PDF文件时，系统会提示输入密码。这种方式可以保护PDF文件的机密性，避免别人未经授权地查看文件内容。