纪晓岚想要烧毁《山海经》，原因有很多方面。纪大学士编撰《四库全书》，首先是要保证收录的书籍为儒家正统，也就是要保证所收录的作品具备严谨，同时有利于封建政权的统治的特质，对于《山海经》来说，有这几个问题让他以及很多朝中官员难以接受：

1是《山海经》中的故事很多荒诞不经，与正统学术书籍大相径庭；

2是《山海经》记载的很多大清国境以外的事例，对于以大清为世界中心的官员来说，认为对皇权统治不利；

3是《山海经》从根本意义上来说，是一本集天文、地理、水利、科学等为一体的百科全书，对于首先要奉行愚民政策的统治者来说，让人民接触到广泛的知识，同样对于皇权统治不利。