运输公司安全员注销需要按照相关规定办理手续，首先需要向所在地的交通管理部门进行申请，并提交相关材料和证明文件。

申请材料包括本人身份证明、聘任证书、培训合格证书等，证明文件包括无事故、无违法记录等。

申请成功后，则需办理安全员证书注销手续。注销后，安全员不再履行职责，但在法律上仍需承担原有工作期间的相关责任。

注销后，公司需重新聘请安全员或由其他人员代劳，保障运输安全。