在电子招标投标中，通常情况下，以线上提交的电子文件为准。根据《电子招标投标办法》的规定，如果纸质文件与数据电文（电子招标投标中的文件）不一致，除非招标文件有特别的约定，否则应以数据电文为准。这意味着在没有特别约定的情况下，线下提交的纸质文件不得与线上提交的电子文件相冲突。如果在电子招投标试运行阶段，需要线上线下并行提交投标材料，并且有线上操作失误或线上线下投标材料不一致的情况，应以线下投标原件资料为准。因此，如果有特别约定，则以线下投标为准，否则应遵循电子招标投标的规定，以线上提交的电子文件为准