雅马哈R3的配置如下：

头灯、尾灯和定位灯 。都采用LED灯。

仪表 。采用LCD显示。

车架形式 。为钻石型。

前避震 。为Φ37倒立式前叉。

后避震 。为中置单避震。

前刹车系统 。为Φ298碟盘/单向双活塞卡钳。

后刹车系统 。为Φ220碟盘/单向单活塞卡钳。

车辆尺寸 。长宽高分别为2090mm×730mm×1140mm。

雅马哈R3的轴距为1380mm、座高为780mm、装备重量为171kg、油箱容量为14L、前轮胎规格为110/70R 17M/C54H、后轮胎规格为140/70R 17M/C66H等。