成功考取二本制药工程专业研究生后，一般会进入制药企业、化工企业或者相关科研机构工作。

因为制药工程专业的研究生教育注重实践能力培养，具有扎实的理论基础和丰富的实验操作经验，这使得他们在行业中受到了广泛的认可。

制药企业和化工企业是研究生就业的主要领域，研究生毕业后可以从事制药生产、研发、质量检测、技术支持等工作。

同时，还可以选择进入科研机构从事科研工作，探索药物研发的新技术和新方法。

总之，二本制药工程专业考研成功后，就业前景较好，有多种就业选择。