特殊病种的办理通常是在手术前办理。术前办理特殊病种是为了确保手术安全和术后的医疗费用报销。医院会根据患者的病情和手术计划，向患者所在的社保机构申请办理特殊病种，需要提供相关的病历资料和检查报告等材料。经过审核后，社保机构会核定特殊病种，并给予相应的报销比例。术后办理特殊病种可能会导致报销比例的降低或者无法报销。因此，患者需要在手术前及时办理特殊病种以确保医疗费用的报销。