如果档案里的入团材料丢失了，首先应该尽快联系相关部门或负责人，说明情况并尽量提供其他证明素材。可以尝试联系当时的见证人或其他能够证明入团身份的人员，以补充材料。同时，尽量收集相关证据和证明文件，如入团宣誓的照片或视频等，以便证明入团的真实性。

在办理补充材料的过程中，保持耐心和合作，尽快补全入团材料，确保自己的权益不受影响。