1. 提交申请：企业首先需要向当地人力资源社会保障局或相关部门提交申请，申请农民工保证金缴存。

2. 缴存方式确认：人社部门会根据企业的实际情况和政策要求，对缴存方式、标准、比例等因素进行确认，并提供相应的缴存指南。

3. 缴存开户：企业需要在当地指定银行开设户头，按照指引缴纳农民工保证金。同时，出具银行开户证明，作为缴存的证明文件。

4. 缴存比例计算：农民工缴存比例范围一般在5%~20%，具体根据地区和政策要求不同而有所不同，企业需要根据当地规定进行缴存比例计算。

5. 缴存记录核实：企业需要对缴存清单进行核实，记录每位农民工的姓名、身份证号码、岗位、缴存比例和金额等关键信息，并及时更新和调整缴存记录。

6. 缴存资金监管：企业缴存的资金由相关财政部门进行监管和管理，委托银行按照相关规定统一管理并投资使用。

7. 缴存证明提供：企业需要向缴存农民工提供《工资及福利领取证明》和《退休个人账户证明》等法律规定的相关证明文件。

以上是农民工保证金缴存的主要流程。企业在缴存时需要严格遵守相关法律、政策和规定，确保企业和农民工双方的权益得到保障。