喀什地区位于塔里木盆地南缘，地处高原山地，河流、湖泊、地下水资源较为丰富。塔里木河是主要河流，流经喀什地区南部，支流众多，水利开发潜力较大，但河水含盐性较高。

地下水主要分布于塔克拉玛干沙漠边缘和盆地周缘的山脉带中，干旱常年缺水的地方常利用地下水灌溉。

湖泊如库木塔格和巴格拉克姆等是重要的水源，但面积较小，水质也受到严重污染。总体而言，水资源的分布在空间和时间上存在着不均衡性，且水资源的质量也受到威胁。