龙眼根部发红一般是由于过度浇水或土壤缺氧导致的，也可能是病害或虫害的影响。龙眼根部长期处于过湿环境中，会导致氧气滞留，根部呼吸困难，进而引发发红现象。

此外，根部发红也可能是因为土壤含有太多有害物质，导致根部受损并发生颜色变化。为避免这种情况的发生，种植龙眼时要注意合理浇水，保持通风，检查土壤质量并及时除虫防病。