非法营运要扣驾驶证是合法的。根据《中华人民共和国道路交通安全法》规定，非法营运属于违法行为，公安交管部门有权采取措施进行查处并对驾驶人处以罚款、扣留车辆或者吊销驾驶证等处罚措施，以保障道路交通安全和公共秩序。因此，对非法营运的车辆行驶人员进行扣留驾驶证是合法的。