厦门园林博览苑由原先的杏林湾中洲及附近岛屿和湾西、湾北海岸线上的部分地区组成；开工建设时人工开凿河道，把中洲及附近岛屿统一规划为九个岛，由16座桥梁相互连接，形成“水上园博园”。厦门园林博览苑规划以半岛、岛屿的形式进行总体布局，由九个岛屿和两个半岛组成。其中五个为展园岛屿，四个小岛为生态景观岛。以此为基础，分期规划建设东边的自然原生岛、西侧的杏林苑、中部的教育之园、石文化园和北侧的山林休闲园，形成一片中央公园式的大绿地。