代账公司一般会将凭证存放在专门的凭证柜或凭证盒中，按照时间顺序和分类进行整理。

首先，将收到的所有凭证按照日期和类型进行归档，然后在会计软件中建立对应的凭证信息，确保凭证的完整性和真实性。

同时，代账公司还会定期备份凭证信息，以防止凭证丢失或损坏。此外，代账公司还会制定严格的文件管理制度，确保凭证的安全性和保密性。通过这样的存放方式，可以确保凭证的整洁、完整和易于查阅。