新疆棉并不属于转基因棉花，目前在中国境内允许商业化种植的转基因棉花有两个品种：

一是通过将一种叫做Bt基因的蛋白质加入到棉花基因组中，使棉花具有自我防卫能力，能够抵抗棉铃虫侵害；

二是使棉花能够耐草甘膦草药毒性，并配合使用草甘膦类化学药剂，控制杂草生长。而新疆棉不是这两种品种，也没有添加任何外源基因，因此，新疆棉不属于转基因棉花。