保函和保证金最大的区别是现金流。保函是受开户人委托由银行向相对方出具具有担保功能的函件，不用使用现金，不影响现金流。保证金是合同向合同相对人提供现金保证，在不履行合同或违约时，可以先从保证金中扣除相应费用，对现金流有很大影响。