在十字军之王3中，控制瘟疫可以通过多种方式实现。首先，建立医院和教堂来提高城镇的医疗水平和信仰力量。

其次，派遣传教士到受感染的城镇进行宗教传播，有效减少疫情的蔓延。同时，调整税收策略，减轻人民的负担，提高人们忠诚度。

最重要的是，及时出兵清除感染的区域，隔离病人，阻止疫情扩散。通过以上措施的综合运用，可以有效控制瘟疫。