北京市政府限制混动车主要是为了减少车辆污染和保护城市环境。混动车的燃油经济性较高且有低排放优势，但混动车在长距离高速行驶时会切换到内燃机模式，其排放量甚至超过普通汽油车。

而且北京市小车指标有限，混动车学分较高，增加会导致经济上的负担和城市交通拥堵的加剧。

因此，政府选择限制混动车的进入，使得城市环境更加清洁和健康。