如果杭州积分申请指标材料被退回，需要仔细看退回原因并及时作出必要的修改和完善。可以向相关部门咨询，并遵循相关指导和规定重新提交材料，同时要注意时间和格式上的要求，确保材料的完整性、真实性和准确性，以便最终申请成功。此外，也可以考虑提升自身条件和素质，以增加积分和提升申请成功率。