南京地铁11号线共设17个站点，起点为江北大学城站，终点为雨山路站。线路全长约23.9公里，途经雨花台区、高淳区和江宁区。除起终点站外，其余15个站点依次为：农大南站、浦口万汇城站、十里墩站、铁心桥站、云锦路站、葛塘站、九龙湖站、东山口站、大行宫站、河定桥站、胜太路站、河海东路站、科学馆站、南京大学仙林校区站、麒麟门站。

其中，科学馆站为换乘站，可与地铁2号线实现无缝换乘。