木耳菌种袋的灭菌时间会受到多种因素的影响，如菌袋的大小、材质以及灭菌设备的种类和使用条件。

一般来说，如果采用高压灭菌锅进行灭菌，灭菌时间在1-2小时左右是比较常见的1。然而，如果是通过常压灭菌的方式，可能需要更长的时间，大约在5小时以上，以达到相同的灭菌效果2。因此，具体的灭菌时间需要根据实际情况来确定。