两者的主要区别在于材质和用途：

- 材质：亲水海绵又称聚氨酯海绵，是一种聚氨酯泡沫塑料；生化棉是一种由聚酯纤维制成的人造纤维。

- 用途：亲水海绵通常用于医疗、化妆等行业，如用于制作医疗器械、化妆刷等；生化棉则主要用于水族箱过滤系统中，作为过滤材料使用，可以过滤水中的杂质和有害物质，保持水质清洁。

总体来说，亲水海绵和生化棉虽然都是泡沫塑料，但材质和用途都有所不同。